No se conoce fecha de la construcción del Templo o Iglesia Matriz que tuvimos en el siglo XX y que fue destruido para erigir el que ahora tenemos. En el archivo parroquial no existen documentos y en la Municipalidad sólo hay libros desde fines del siglo XIX; se dice que todo fue perdido o destruído durante la infausta ocupación del territorio nacional por los chilenos.
La primera referencia válida es la grabación en la campana mayor: Soy de San Sebastián de Chepén 1781, año en que seguramente fue instalada y puesta en servicio en el templo ya terminado y funcionando como parece confirmarlo la campana fechada diez años después: S. Avgustine Ora Pro Nobis- 1791, oración que se explica por la presencia y trabajo de los frailes agustinos en nuestra Parroquia.
El Templo o Iglesia Matriz tenía una nave de menor dimensión que la actual y era de forma restangular, hasta que en 1958 fueron construídas las tres cúpulas que cubren el Altar Mayor, primera parte de la obra de reconstrucción empezada dándole reminiscencias coloniales. Al instalar la primera piedra el 9 de noviembre de 1952 era Presidenta del Comité Pro Templo la señora Isabel Salcedo de Ojeda, Alcalde Distrital don César Gómez Azcárate y cura Párroco el R.P. Francisco Wenceslao Lázaro, quien estaba en Chepén desde el 20 de Febrero de 1952.
En Noviembre de 1957, empezaron los trabajos de reconstrucción en si, siendo Presidenta del Comité Pro Templo la señora Nila Otoya de Flores Fajardo. Supervisó la obra una Junta de Obras Parroquiales presidida por don Arturo Alegría Montoya e integrada por los señores: Hidelbrando Angelats Azcárate (Secretario), Francisco Herrera Guanilo (Tesorero) y Guillermo Cava Padrós (Asesor Técnico). Las tres cúpulas fueron terminadas en 1958, siendo Párroco el R.P. Wenceslao Lázaro y Alcalde del distrito el Dr. César Carrillo Gil.
El R.P. Fernando Rojas Morey hizo la segunda parte de la reconstrucción con la colaboración del Comité Pro Templo presidido por la señora Isela Viaña Hora, terminándola en 1973, con el estilo modenro que hoy vemos. "La Comunidad Parroquial y el Pueblo de Chepén terminaron la reconstrucción de esta Iglesia de San Sebastián el año 1973 siendo Párroco el R.P. Fernando Rojas Morey y Vicario Cooperador el R.P. Miguel Azabache Sánchez. Para perpetua memoria. Chepén, 20 de Diciembre de 1973.", dice la placa conmemorativa que luce instalada en el frontis de la Iglesia de Chepén.
