Los primeros años de vida sacerdotal los pasó en Santiago de Chuco y fue nombrado Párroco de Chepén el 12 de marzo de 1963, cargo en el que se mantiene por 46 años, siendo el párroco de más larga permanencia en Chepén. Desde su llegada ha realizado una labor espiritual con proficua obra física e intelectual que resumimos en: desarrollo de la acción evangelizadora, trabajo social, renovación de las formas del culto, impulsó la catequesis y el apostolado seglar; terminación de la reconstrucción del Templo San Sebastián, construcción y equipamiento del Despacho de la Parroquia, la Casa Parroquial y el Teatrín; construcción y equipamiento de casas comunales en barrios marginales; creación y atención de comedores populares; construcción y equipamiento de guarderías infantiles en Chepén, Chequén y Puente Mayta.
Así mismo, la creación y funcionamiento del centro educativo parroquial que imparte instrucción inicial, primaria y secundaria; creación del Instituto Superior Tecnológico "San Juan Bosco" con amplio local en Talambo; creación de la Universidad Privada "Juan XXIII" para el valle Jequetepeque. Funcionamiento de Radio San Sebastián; establecimiento de un consultorio médico parroquial; instalación de la imprenta San Sebastián; fundación del Centro de Estudios Sociales y Desarrollo Rural (CESDER) de fructífera existencia entre los años 1980 y 1990; fundación de la Defensoría Parroquial Lestonnac, ahora Defensoría Parroquial Chepén, institución de defensa y promoción de los derechos de niños y mujeres; fundación de la Casa de la Cultura de Chepén, siendo él su primer Director General. Mejora de la Casa Comunal, Casa Villa Leticia y la creación de un centro ocupacional para adolescentes trabajadores.
El Padre Fernando Rojas trabajó como profesor en el Colegio Nacional "Carlos Gutiérrez Noriega". En el ámbito diocesano se desempeñó como Secretario General Ejecutivo del Segundo Sínodo Arquidiocesano de Trujillo. Desde octubre de 1999 hasta junio del 2000, ocupó el cargo de Vicario General de la Arquidiócesis, manteniendo su oficio de párroco, en la administración de Mons. Miguel Cabrejos Vidarte O.F.M., nuevo Arzobispo. El 19 de marzo del 2008, en ceremonia realizada en la Catedral de Trujillo, recibió el grado de Canónigo del Cabildo Metropolitano del Arzobispado de Trujillo.
Es un sacerdote admirado y querido, caritativo y bondadoso; considerado como uno de los sacerdotes más destacados del norte del Perú. El Padre Fernando Rojas es amante de la música, del deporte, de la lectura y del estudio. Ha escrito los libros "Caminando con mi Pueblo", "Apuntes de Teología Moral", "Caminos y Esperanzas" (poemario), "Los Discípulos de Jesús" y "Perfiles" (poemario). Ha compuesto la letra del Himno a San Sebastián y otros himnos religiosos, con música de Graciela Campos Quispe. Varias promociones de alumnos de instituciones educativas de Chepén llevan su nombre como testimonio de reconocimiento y gratitud.
(Fuente: Becerra, Nicanor. Biografías: Hijos Ilustres de Chepén. 2009)
